El actual Departamento de Ciencias Exactas se conforma a partir del Instituto de Ciencias Básicas que funcionó entre 1978 y el 2006 como uno de los principales componentes académicos de la Escuela Politécnica del Ejército; es a partir del 6 de abril de 2006 y luego de aprobada la Red Organizacional de la ESPE con una estructura matricial en la que el Departamento de Ciencias Exactas agrupa a todos los docentes de las asignaturas de Matemáticas, Física y Química a fin de convertirse en el soporte académico de las materias de fundamentación científica básica para todas las carreras de la ESPE y es como permanece hasta la actualidad.